El recuento de sus polémicas es largo. Quien no recuerda el golpe en el rostro que le propinó al comentarista David Faitelson durante un choque en el puerto jarocho entre Veracruz y América. Blanco Bravo se asomó por una ventana del vestidor y, por la espalda, le dio un puñetazo. La directiva azulcrema lo obligó a ofrecer disculpas.
En varias ocasiones tuvo intercambio de declaraciones con el técnico Ricardo La Volpe. Una vez se burló del argentino cuando este dirigía al Atlas. Consiguió un gol y se acercó al banquillo rojinegro, se recostó en el césped y con actitud burlona detuvo su cabeza con la mano. La Volpe sólo esbozó una sonrisa de molestia porque el árbitro ni se inmutó. Algunos dicen que esta acción le costó su participación en la Copa del Mundo de Alemania.
Protagonizó la batalla campal que se originó casi al final del partido de Copa Libertadores ante el Sao Caetano en el Estadio Azteca, que le costó una sanción de un año fuera de todas las competencias organizadas por la Conmebol. El problema llegó a tal grado que algunos aficionados se saltaron a la cancha en busca de agredir a los jugadores brasileños.
En una ocasión imitó a un perro orinando después de que logró una anotación, sin olvidar que "tundió" con sus declaraciones a varios compañeros de profesión como a David Oteo que le dijo que era un "naquito" y que le cargaba las maletas a Jorge Campos y Claudio Suárez en la selección mexicana.
A Héctor López, del Atlas, lo calificó de "lento" y a Israel López de ser un enano "de dos metros y medio". De hecho, en una ocasión, con Israel tuvo un pleito a golpes en un aeropuerto de Estados Unidos cuando Toluca y América coincidieron en un vuelo.
Tampoco se puede dejar fuera del recuento el puñetazo que le dio a Felipe de Jesús Robles en un clásico en 1999 y recientemente la demanda que interpuso en la Delegación Benito Juárez en contra de un fotógrafo que lo persiguió durante días.
Cuauhtémoc Blanco siempre estará envuelto en la polémica, el reflector y el escándalo, aunque su calidad futbolística es indiscutible.